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Une autre façon de penser l'assimilation de données est de la comparer aux méthodes traditionnelles de la recherche scientifique.

En général, face à un système inconnu, la première démarche est d'essayer de comprendre comment il fonctionne. Ceci se traduit par le développement d'un modèle qui va tenter de simuler toutes les composantes internes du système. Ce modèle, aussi perfectionné soit-il, nécessite des paramètres d'entrée. Une fois le modèle abouti, il est ensuite comparé à des résultats expérimentaux. En supposant que le modèle est adapté, les comparaisons entre les sorties du modèle et les mesures expérimentales permettent d'améliorer les entrées du modèle. Il s'agit donc d'un problème inverse.